L'église Saint-Désiré est un fleuron de l'art roman en Franche-Comté et LE fleuron de l’architecture à Lons-le-Saunier (préfecture du Jura) : une splendide église romane élevée en 1083. Certes, l’extérieur, restauré au XIXème siècle, est décevant. Mais la nef, le transept et la crypte sont du plus pur style pré-roman du XIème siècle. Et d’un roman typiquement franc-comtois : pas de décor historique, une certaine froideur.
Au transept sud est exposée une très belle piéta ou mise au tombeau du XVème siècle, provenant de l’ancien prieuré de Gigny. A côté le grand orgue Daublaine et Callinet de 21 jeux construit en 1839. Le chœur abrite une colonne eucharistique en style gothique flamboyant. La chapelle de la Vierge au nord conserve une statue de Sainte-Anne. La crypte, élevée en 1060, avec les matériaux provenant de la construction primitive (Vème siècle ?) abrite le sarcophage, vide, de Saint-Désiré, le Saint-Patron de Lons (dont les reliques sont conservées dans la deuxième chapelle nord de l’Église des Cordeliers). La crypte a été restaurée en 1992.